Molekylvisualisering#

Når vi utfører en simulering, får vi en del tall som gir oss informasjon om systemet vi har simulert. I mange tilfeller kan det også være nyttig å kunne representere disse tallene grafisk. Noen ganger holder det med et plott, mens andre ganger kan det være nyttig med en animasjon eller et dynamisk bilde.

Læringsutbytte

Etter å ha arbeidet med denne delen av emnet, skal du kunne:

  1. Bruke Jupyter Notebook.

  2. Bruke py3dmol til å tegne molekyler i notebooks.

  3. Bruke nglview til å tegne enzymer i notebooks.

  4. Representere molekyler på ulike måter i notebooks.

Bruk av Jupyter Notebook#

I videoen nedenfor forklares hvordan du oppretter og lager en Jupyter Notebook.

Når du har sett videoen, kan du gjøre følgende oppgave for å sjekke om du forstår innholdet:

Underveisoppgave

Lag en notebook som du strukturerer, og der du skriver litt matematikk og legger inn et bilde. Prøv også å legge inn tabeller. Celler i tabeller skilles med tegnet |.

Vi kan også lage forsøksrapporter i Jupyter Notebooks. Videoen nedenfor viser deg hvordan du kan gjøre dette.

Molekyler i notebooks#

Når du har sett videoen, kan du gjøre følgende oppgave for å sjekke om du forstår innholdet:

Underveisoppgave

Lag en Notebook og legg inn legemidlet acetylsalisylsyre (aspirin) og enzymet ananain, som finnes i ananas. Pynt gjerne på figurene etter eget ønske.

GitHub*#

GitHub er et nyttig verktøy for å spare på og holde styr på programkode. Det er frivillig å lære seg dette, men det kan være en god investering dersom du ønsker å jobbe mer med programmering.